A seguir estão descritos os principais módulos e algumas funcionalidades do sistema Conveniar:
a) Módulo Projetos: tem como objetivo o cadastro e controle de projetos submetidos a editais de instituições fomentadoras, bem como a divulgação pela fundação de editais em aberto para que pesquisadores/clientes possam estar submetendo projetos para captação de recursos e o desenvolvimento destes.
b) Módulo Administração de Convênios e Contratos: tem como objetivo o cadastro e controle financeiro de convênios e contratos. Garante o processamento de diversos tipos de pedidos, como compras, pagamentos de serviços (notas fiscais, reembolso, adiantamento, diárias, estagiários, direitos autorais, entre outros), relatórios de viagens e faturas enviados pelos coordenadores para seus respectivos convênios.
c) Módulo Cliente: tem como objetivo principal a disponibilização do convênio através da internet para os seus coordenadores. Este módulo possibilita a visualização de extratos, saldos, liberações e itens aprovados, bem como a solicitação de pedidos de compra, pagamento de serviços, relatório de viagens e faturas.
d) Módulo Compras: realiza o processamento dos pedidos de compras efetuados pelos coordenadores dos convênios e contratos, seguindo os trâmites legais impostos pela legislação vigente. Os processos de compras incluem todas as etapas, desde o pedido até o recebimento da mercadoria/serviço e seu pagamento. Este módulo contempla também processos de compras internacionais.
e) Módulo Fornecedor (Portal de compras): disponibiliza, através da internet, publicação dos processos de compras abertos, pedidos de orçamento/cotações on-line e autorização de fornecimento para fornecedores. Este módulo está ligado diretamente ao módulo de compras.
f) Módulo Despesas: realiza o cadastro e controle de despesas administrativas de convênios, contratos, serviços e eventos. O módulo permite o lançamento das despesas e seu rateio para os convênios.
g) Módulo de Eventos e Serviços: objetiva o cadastro e controle de inscrição de pessoas em eventos (cursos, palestras, congressos, etc.), bem como a geração de métodos de pagamentos para serviços prestados.
h) Módulo de Suporte à Integração e Customização: tem como objetivo disponibilizar ferramentas que possibilitem a integração com outros sistemas de gestão utilizados pela instituição.
i) Módulo Bens de Convênios: realiza a gestão de bens patrimoniáveis de convênios que foram comprados a partir de processos de compras.
j) Módulo Prestação de Contas: gera relatórios de prestação de contas para as instituições fomentadoras a partir dos lançamentos financeiros realizados nos convênios.
k) Módulo Gerencial: gera relatórios e gráficos gerenciais para a diretoria executiva da instituição.
l) Módulo de Administração: permite a configuração de todo sistema e os principais cadastros transversais, como, por exemplo, o cadastro de pessoas físicas e jurídicas, instituições e usuários.
m) Módulo Segurança: tem como objetivo implementar sistemas e regras para garantir a segurança do sistema, como o controle de acesso, auditoria das ações realizadas no sistema, garantia de transparência do processamento dos pedidos de pagamentos, recebimentos e compras.